Для Циклона2 всё же лучше скачать Квартус 7.2. Там многое лучше сделано.
Для NIOS - да, нужен SOPC Builder.
SignalTap - очень полезная вещь, можно смотреть сигналы внутри в реальном (с ограничениями бластера) времени.
Про Моделсим тут правильно говорили - сначала симулить в нём, тогда и в железе будет (скорее всего) работать.
Сделайте, чтоб светодиодом мигало сначала.