Странны1 вопрос. Если Квартус распределяет ноги как придется, то где гарантия, что на конечном этапе проектирования эти ноги останутся теми же. Удобства только от Вас зависят.
Обычно символьный элемент разбивают на секции. питания, контактов двойного назначения с клоками и контактами i/o.
Один из путей - все на разводчика повесить.
секцию с i/o набрасать от балды и разрешить перебрасывать эти цепи в соответсвии с выбранными Вами критериями.
По окончании разводки закрпить эти ноги за кристаллом.
Все равно придется ререназначать. так или этак.
А вот сколько раз. от вас зависит.