derive_pll_clocks -use_tan_name
правда, обратные связи не использовал.
При смене домена стоят set_false_path на клоки в обе стороны.
Пример:
set_false_path -from [get_clocks gmii_rx_clk] -to [get_clocks {pll_25_50:pll_sys|altpll:altpll_component|_clk0}]
set_false_path -from [get_clocks {pll_25_50:pll_sys|altpll:altpll_component|_clk0}] -to [get_clocks gmii_rx_clk]