1. по поводу выбора decoupling caps.
У конденсаторов есть резонансная частота. Это примерно ~ 4 MHz для 0.1 uF и т.д. Частота сдвигается вниз при плохом расположении переходных отверстий. Простое забивание поверхностей одинаковым номиналом - не помогает. Оно дает сильный резонансный горб. ( в зависимости от номиналов, board stackup и т.д.) Обычно в серьезных конторах плата симулируется на предмет decoupling impedance. В результате получается примерно равномерная помесь конденсаторов от 10uF до 200pF. Мелкие номиналы могут исчезнуть, если есть конденсатор между плайнами в плате.

2. 6-ти слойный stackup у тебя классический. Но тут такой применяется только при массовом производстве после серьезного симулирования. (я работаю в Silicon valley). Для мелкосерийного производства применяется большее количество слоев(тот что я рисовал раньше). Основная причина - снижение рисков. 8-ми слойка (еще одно питание и земля) - даст лучший импеданс по питанию. Я не говорю, что 6-ти слойка у тебя не получится. Обычно засада начинается при испытании на пограничных температурах. На комнатной температуре некачественное питание компенсируется конструктивным запасом самих чипов.

3. По опыту. Перед началом разводки платы обязательно проконсультируйтесь с производителем, чтобы получить толщину проводников, зазоры и т.д. Тут это просто часть design flow. В пакете документов на разводку должен быть stackup подписанный производителем PSB.

4. По поводу выбора источников. На linear technologies сайте есть spice симулятор для их источников. - он бесплатный и прекрасно работает. Там можно качественно продобрать конденсаторы, прогонять схему и т.д. НАпример, в одном из дизайнов у меня был двойной источник ~ 6 см2 (1.1V 45A 3.3V 15A) с ограничением по высоте 2.5 мм сверху и снизу платы. Переходной процесс 20mV при вариации тока от 5 до 45А.