Вопрос о снятии ограничения на размещение в Альтеровских матрицах недифференциальных выводов рядом с дифференциальными (например, стандартов "2.5V" и "LVDS") поднимался неоднократно. Ранее для решения этой проблемы предлагалось патчить один из файлов в Квартусе.
Как выяснилось, легальное решение проблемы уже давно существует (упоминается, по крайней мере, ещё в Help'е Квартуса 4.1). Нужно просто указать в Assignment Editor для недифференциального вывода опцию Toggle Rate = 0 MHz (или в .qsf-файле: set_instance_assignment -name TOGGLE_RATE "0 MHz" -to SingleEndedPin).

Этот же метод можно применить при необходимости использования выводов по соседству со входом VREF.

Вопрос неоднократно освещался в Альтеровской "Knowledge Database"
(например, Solution ID rd08042004_1048, rd05052003_3407, rd06012004_4535)

См.также Application Note 466 - Cyclone III Design Guidelines (Board Design Considerations > I/O Consideration > Pad Placement Consideration), Quartus II Settings File Reference Manual (Fitter Assignments > TOGGLE_RATE).