По идее должно работать. Какая такая особенная схема может быть у JTAG. Наверно дело в линии связи. Длина цепочки JTAG + длина байтбластера. Согласование линии.(Штатным бластером пользуетесь?). В даташите где то есть фраза, что если цепочка больше 5, ставьте буфер. В любом случае как я понял можно жить. EPC8 программируется. Это флеш. Можно и не конфигурировать стратих. А EPC2 можно программировать по мере надобности, потому что FLEX конфигурируется.