Может так и должно быть. Но функции тоже пишут люди, и они могут ошибаться.
А фазы и формы сигналов FSX0/1, FSR0/1, CLKX0/1, CLKR0/1 тоже одинаковы? Если нет, то DMA будет реагировать по-разному. Посмотрите на них с помощью осциллографа и сравните.
Далее, как организованы прерывания от кодеков в двух каналах, есть ли отличия? То же для DMA. В общем, любые отличия в HW/SW окружении могут привести к такому эффекту.
Думаю, что никто Вам более глубокой информации не даст. В противном случае нужно было бы просто выполнить проект вместо Вас.