Проблема как я выяснил была из-за того, что в буфере DMA-канала и в буфере кодека (с которым работал MCBSP) при запрете DMA оставалось проивольное кол-во данных, которые там замораживались при остановке CLKR/CLKX/FSR/FSX. Контроллер DMA не имеет бита сброса, только запрет! И при повторном перезапуске DMA, каналы сдвигались на случайную величину. Проблема решилась аккуратным запуском DMA: определенной последовательностью включения CLKR/CLKX/FSR/FSX и выфлушиванием буферов.