Я к тому, что если ШИМ дастаточно высокочастотная (десяток и более кГц), напряжение на заряжаемой акб практически не будет иметь пульсаций. Т.е. меряйте когда хотите.Лишь бы зарядный ток не "пульсировал" на частоте 100Гц в результате ФИМ (фазоимпульсного управления выпрямителем). Свинцовые АКБ этого не "любят".