вам же уже сказали, что не нужен вам фильтр на мотор.

1. какая у вас частота ШИМ ? что является источником ? (µC ? NE555 ?)
2. сколько потребляет мотор ?
3. ещё раз поясните фразу "Вроде управляется, но есть проблема в том что при одной и тойже скважности ШИМа момент каждый раз на выходном звене несколько отличается (порядка 10-15%, изменяятся, наверно, периодически), хотя должен быть одним и темже.".
возможно вы что то недопоняли или недомеряли. и пытаетесь этот недомер восполнить мифическим фильтром, хотя нестабильность прячется за чем то иным.