В документации в таблице "Ac Electrical Characteristics – AC Timing" Указано что время экспозиции(интегрирования) для линейки минимум 2087 тактов или 68,9 микросекунд. "1L = tint, luma Line/Integration Period 68.9 -- us" Таки образом о разбросе тактирования на линейке не нужно беспокоится. Да и на АЦП тоже. Если вы обеспечите время достаточное для установки напряжения на выходе линейки(входе АЦП) и время для захвата УВХ АЦП, то неодновременность считывания значений напряжения не будет играть никакой роли.
По теории сигнал с линейки постоянное напряжение ;-) Мерять его с разбросом в несколько наносекунд можно.
Для тактирования схемы нужно выбрать специализированые выходы ПЛИС. У Cyclone 2 и 3 они есть.
Если укажете какой объем и с какой периодичностью нужно снимать, то может еще чего присоветуем.