при измерении слабых сигналов всегда стараются использовать именно дифференциальный вход. Сам я использовал 350 в ряде проектов: недифференциальный вход был только в одном, но там точность в единицы % меня устраивала, во всех остальных случаях - только дифференциальный. При single ended второй вход АЦП приходится всё равно подключать к земле, но внутри МК - с помощью мультиплексора. Само собой, ток, протекающий через цепи AGND МК, создает на них падение напряжения. Дальше, думаю, объяснять не надо, что ток этот практически не нормирован :=)
Кстати, засыпания на время измерения в этом МК можно не делать (если тактовая не слишком высокая) - в отличие от многих других МК, здесь аналоговая часть сделана грамотно