Не зная конкретики, сложно советовать что-то, но если речь идет о небольших мощностях, наверно проще сотворить двойное преобразование а-ля 5--13,8--5. Т.е. из имеющегося источника 5V бустером делаем 13,7V (напряжение stand by), нагрузочная пособность бустера должна быть достаточная для питания нагрузки и зарядки (подзарядки) АКБ. А далее ясно- чоппер на вых. напряжение 5V/ И никаких коллизий и микроконтроллеров (разве что для телеметрии).