Где и что читать по теории акккумуляторов - у Гугля спросите, например по слову "INDIVIDUAL DATA SHEET CGR18500" и ройте вокруг. По теории зарядки применительно к МК - есть практически на каждом сайте производителей МК общего назначения (Atmel, Texas, Silicon labs, Cypress, etc.).