ну ОЧЕНЬ похоже на медленное закрывание выпрямительных диодов. Или диодов в снаббере (если есть). Или и тех и других. При более медленном переключении полевиков (что, видимо, и наблюдалось при работе от МК) эффект пропадает. Ставь резисторы по несколько Ом прямо возле затворов транзисторов