1. Заменить дросель после ШИМа на 2-3 каскада LC. Это позволит уменьшить постоянную времени фильтра, правда там будет большой набег фазы. 2. Сделать многофазный ШИМ. Это тоже позволит сократить фильтр и улучшит фильтрацию. Я проектировал питание на Линеаровских микросхемках и делал программку для выбора компонентов. Так вот при 6 - 12 фазах даже на 120 А (1,8В кажется так...) источник имел приемлемые размеры фильтров. 3. Использовать сигма-дельта АЦП. У них фильтрация заложена в их природе... Удачи!