Находите абсолютное значение фазы обоих сигналов (два метода уже перечислены были), затем их разность, и разность тоже можете профильтровать со срезом в 1 герц. Тут главное два АЦП, работающих строго синхронно, либо, если АЦП один, то корректировать вручную разность, внесенную неодновременной выборкой. И точнее не будет, так как это получится теоретический предел для точности вычисления при заданных параметрах (так как ПФ это согласованный фильтр, а согласованный фильтр обеспечивает максимально возможный SNR).